Avec Galaxy Express 999, Matsumoto part en guerre contre une
utopie : l'immortalité. C'est en effet le thème général de
l'oeuvre, même si certains épisodes sont une critique d'un
autre aspect de la vie humaine moderne, comme par exemple la
différence ou encore la déshumanisation des sociétés
humaines. De plus, même si l'Espace est le cadre de l'histoire,
ce n'est que l'allégorie de la terre, car dans cette série, et
contrairement à d'autres du même auteur, on ne rencontre que
peu d'extra-terrestres. D'autre part, la façon dont sont
traités les thèmes est particulière. Tetsurô s'indigne
parfois de situations semblable à la sienne : il rejetterait
l'idée de se mécaniser s'il arrivait à être plus objectif
dans ses choix. Certains épisodes se finisent en queue de
poisson, c'est un moyen de renforcer ce que dénonce Leiji
Matsumoto.
C'est donc dans cette critique d'un point de vue que cette oeuvre
se rapproche des contes philiosphiques des Lumières.
L'autre grand thème de Galaxy Express, est le passage de l'enfance à l'âge adulte. Le duo composé d'un enfant et d'une femme est très fréquent chez Matsumoto (Hajime & Yayoi dans Princesse Millenium ; Hiroshi Umino & Emeraldas ; Tetsurô Daiba & Mellow de Fire Force DNAsights 999.9) Ces femmes sont toujours mystérieuses, et mènent bien souvent une double vie. En fait ce sont presque tout le temps des guides allégoriques sur le chemin de la vie. Le fait que Tetsurô vive (voyage) amène toujours plus de secrets, déjà cachés en lui (Maetel), à sa connaissance (Tetsurô) , c'est alors qu'il deviendra un homme quand le voyage initiatique sera achevé.
Dans la chanson du générique de la très récente adaptation
animée de Queen Emeraldas, on insiste sur le fait que son nom
vient de celui de l'Emeraude, les noms des personnages étant
très importants pour Leiji Matsumoto.
Le nom de Maetel, emprunté à celui de Maurice Maeterlinck
(poète et auteur, entre autres, de L'Oiseau Bleu...), fait aussi
bien penser à métal qu'au mot latin mater, mère.
Dans les oeuvres de Matsumoto, les femmes sont un lien entre les
hommes et la technologie. Maetel, plus maternelle que ses autres
héroïnes (sauf peut-être que Yayoi), et d'autant plus parce
qu'elle est dans le corps clôné de la mère de Tetsurô,
peut-être considérée comme une mère robotique. Ce thème est
repris dans le personnage d'Hellmotheria, qui elle aussi est la
mère de deux androïdes (Rowell & Mewell) que Tetsurô
rencontre dans le manga 16.
Tetsurô, est lui aussi en rapport avec le métal (Tetsu signifiant fer, ce qui est différent du Tetsurô de DNAsights 999.9, dont le caractère signifie "philospohie")
La vengeance dans les oeuvres de Matsumoto n'est la motivation
que des personnages qui grandissent et qui apprennent (Tetsurô,
Tadashi Daiba, ...), les autres savent pardonner (Harlock, Kiruda
: Vilak d'Albator 78...) Une fois que Tetsurô est grand, il n'en
veut plus à Maetel, même si elle l'a trahi.